Sejerø Runden har tre forskellige ruter, som bringer løberne rundt på øen, så man kommer til at opleve øens natur. Alle ruter har start og mål på idrætspladsen ved Sejerø Skole. På ruterne er der flere depoter med vand og saft.
Langs ruterne er der opsat skilte med kilometerangivelser i farver svarende til hver rute. Blå for 5 kim, gul for 10 km og rød for halvmaraton. Der er ligeledes opsat skilte med retningsangivelser i ruternes farver.
Der vil også være posteret vejposter i kritiske punkter på ruterne.